生物信息分析的软件开发是中国的强项吗?过去有哪些牛X的软件和开发者吗?


近日看到以下报道:

此外,基因测序产业的上游还包括相关试剂、耗材、软件等,但此类产品并非国外公司垄断,一些试剂、耗材完全可以委托国内厂家生产。而软件开发是中国的强项。——21世纪经济报道
生物信息分析的软件开发是中国的强项?据说神人李恒和诺禾致源的李瑞强对此都有很大的贡献。知情的筒子们来聊聊
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是华人的强项,不一定是中国的强项。但是相对其它技术来说,在特定领域的比较优势要大一些。
  1. 和这个行业的人才来源有关,你看一下生物信息学的会,即使在北美,基本上你以为在中国开。生物信息学的收入不如金融经济学科,其它族裔的这方面潜在人才不见得真正工作在这领域。
  2. 我们国家制造业基础薄弱,有时候conceptually能够想到,但是实现起来困难;所以相对在对实现平台要求不高,理论性较强的领域就更容易出彩。
  3. 优秀的生物信息软件是用项目和数据喂出来的。在数据产出上,中国的基因组学和国外的差距相对大部分领域要小,增加了影响力。

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早起著名的短序列比对软件,说来很神奇,多数都是中国人写的,而且几乎和华大人(华大人,不一定是华大)脱不了干系

最早的SOAP,大家都知道的啦,华大为了炎黄写的,lirq+liyr组合。此外,组装软件SOAPdenovo也曾在熊猫基因组发布后风靡一时

<!-- 注释掉的内容请忽略 #### 2008年,年轻的李瑞强和李英睿——如今的两个霸道总裁——一起开发了享誉世界的事物——“肥皂” -->

MAQ和后来的BWA,lh3佳作,引用率突破天际,好评率突破天际,都是liheng从bgi去了sanger后完成的

Subread貌似也是中国人写的

另外香港大学(其实也和华大人脱不了干系)计算机系在短序列比对和组装软件开发上也是很厉害的,比如SOAP3(听名字也知道)以及组装软件IDBA什么的

同意liyr的观点,单独看生物信息软件和工具开发华人是很强,但确实不是中国强:

1,从数据来源的测序仪产业,我们只能买,原初的技术还很不成熟;
2,从软件的计算机基础,操作系统、编程语言、开发工具等,我们都是追国外成熟的技术,自主研发并引领世界技术前沿的基础技术很少,大多数的成功的华人开发的应用软件也是在国外的环境中才推广开的;
3,从软件的服务对象,药物研发、生物基础研究等与国际上有很大差距。中国的基因分子检测能为老百姓服务,但由于医药产业和基础研究的薄弱,又能多大程度给他们带来实质性的好处呢?

从数据输入到分析结果输出,从基础到上层,我们的生物信息软件开发是悬在中间的一枝独秀,这是华人的骄傲;但这样为别人做嫁衣裳,也是中国的悲哀。

赞同来自: 秤砣爸爸 K2 Hadron74 BioStar 外显子乱次郎


K2说的没错alignment和variant calling啥的,华大人贡献很大,中国牛X的人很多。

但是有个前提是,“生物信息软件”的范围太广太广了:基因组,蛋白组,生物物理,3D模拟,药物反应 。。。 我们其实就这个范围来讨论的话,中国不能说是世界领先的。

十分同意@liyr 的观点,很多软件是项目和数据喂出来的,华大人参与和提供了了很多测序的项目和工作,才有了很多著名的分析软件和牛逼的人。所以中国在生物信息上应该会继续人才辈出的,因为感觉不论是政府还是国内的研发环境真的是越来越好了,基本世界领先水平了,才会出现更多世界级的生物信息软件。

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@elemenTY @liyr 等人都有很大的贡献啊,ggbio和SOAP系列

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多了去了,bsmap的作者也算华大系吧

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