测序技术在病原菌的鉴定中有什么应用价值?


患感冒或者其他炎症,能否通过测序技术对血液进行测序,找出导致患病的病原菌,从而对症下药,减少不必要的轮换各种抗生素的过程;大家对这方面有什么看法?未来会出现在这样的情况吗?
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楼主提到的问题其实和宏基因组学的概念很相似,理论上是并不在乎样品中有何种微生物,也不在乎有多少,而是只要在样品中,就统统把核酸序列测定出来,然后再通过和已有的核酸序列数据进行比对,判断已知种类和对未知种类进行预测,进行对症下药即可。这样的研究方法对于感染性疾病的预防、控制、诊疗和预后都具有莫大的潜力。
在某一传染性疾病爆发时,宏基因组学具有作为无限制的、独立于培养的用来识别和描述细菌性病原体特征方法的潜力。所面临的挑战包括加速及简化工作流程、降低成本及提高诊断的敏感性,而所有这些可能转而依赖于基因测序技术的改善。

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好像多点测序技术可以做到病原菌的分型和鉴定。
多点测序技术是利用快速测序技术来揭示保守基因的等位基因突变来对病原菌进行分型和鉴定,该技术常选择微生物染色体上7个左右相距一定距离且基本覆盖整个染色体的管家基因进行双向测序,每个不同的基因序列称作其等位基因,特定的等位基因序列给出一个专门的基因序号,所有7个位点等位基因的序号组成等位基因谱,当分离得到一个性质未知的病原菌时,与等位基因谱比较就可以确定它的来源。

迪安诊断好像出过基于高通量测序技术的新型病原菌快速鉴定试剂盒,详细情况不是很了解。

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基因测序的进步可帮助科学家在短时间内快速检测出病原菌基因组,在有疫情发生时,可以实时分析病原菌类别,为及时的临床诊断提供依据.
一个应用实例就是:英国剑桥大学等机构的研究人员在《新英格兰医学杂志》上报告说,他们利用耐甲氧西林金黄色葡萄球菌疫情中留下来的样本,在实验室中重新模拟了该病菌不同亚型的传播情况,并用基因测序技术对这些病菌进行分析.领导这次研究的沙伦•皮科克教授说,利用最新的基因测序技术,只需要一天左右,就可以从基因层面上分辨出难以区分的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌亚型.在疫情发生时,不同亚型细菌的传播情况会不断变化,使用基因测序技术基本上可以实时跟踪这种变化,为临床治疗及时提供信息.她还表示,相关技术也应该可以适用于其他病菌引发的疫情,成为一种新的高效的疫情监测手段.
另一个应用实例为:1998年Maiden等首次提出多点测序技术(multilocus sequence typing, MLST),这种技术正是符合这一要求与标准的可以应用网络来确定和追踪分离到的病原菌的毒力传播和抗药性情况,同时可追踪相对较长周期内病原菌的全球流行病学的细菌分型方法.多点测序技术是利用快速测序技术来揭示保守基因的等位基因突变来对病原菌进行分型和鉴定。

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16S测序是微生物鉴定快速简单的方法,比做生理生化实验要快捷方便,但是有些微生物(比如说弧菌的几个种之间)16S相似性太高,只通过16S基因就没法区分了,还需要多测几个看家基因,然后和NCBI数据库做比对,最终确定微生物属于哪个种。

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